تتكون منظومة العمل في المكتبة من الاقسام التالية:

• الادارة

 و تقوم بالاشراف التام على سير العمل و يتم الاحتفاظ بها بالبريد الصادر  والوارد و من خلالها تنطلق كافة المراسلات.

• قسم التزويد

 توفير  المكتبة و فروعها بأوعية المعلومات باشكالها المختلفة من كتب و دوريا ت ووسائل سمعية و بصرية و غيرها من اوعية المعلومات ذات العلاقة بنشاطات المكتبة, وفق طلبات الكليات.

• قسم الفهرسة والتصنيف

 تنظيم مقتنيات المكتبة من اوعية المعلومات المختلفة , حسب المعايير الفنية لتسهيل الحفظ و الاسترجاع. وهو  القسم الذي يعنى بمعالجة الوثائق معالجة فنية تتضمن اعطاء الوثيقة هوية كاملة , واعطاء هذه الهوية رقما يميزها عن غيرهابحيث يمكن المستفيد أو الزائر من معرفة موقع هذه الوثيقة و الوصول اليها باسرع و قت و اقل جهد.

تعتمد المكتبة خطة تصنيف ديوي العشري في طبعتها الحادية و العشرين و المعمول بها في  اغلب المكتبات الاردنية لما فيهامن سهولة و يسر بالتعامل من قبل العاملين و المستفيدين على حد سواء وتعتمد على قائمة رؤوس الموضوعات العربية للدكتور شعبان خليفة و تعتمد ايضا على قواعد الفهرسة الانجلوامريكية من اعداد ميشيل جورمان في طبعتها الثانية في المستوى الثاني. و قد قام القسم باعداد ملف االمؤلفين الاستنادي و ملف الهيئات و ملف المزودين و رؤوس الموضوعات كمرجعية لعملية الفهرسة و التصنيف.

وقد عملت المكتبة بالتعاون مع مركز الحاسوب بالجامعة على تأسيس نظام عمل آلي للفهرسة و التصنيف تحت برمجية ORACLE  الذي يتيح البحث بالاتصال المباشر .

• قسم قاعدة البيانات

يعنى هذا القسم بتنظيم اوعية المعلومات المختلفة الموجودة في المكتبة سواء كتب او دوريات او مواد سمعية وبصرية يتيح للمستفيد سهولة الوصول الى المعلومات .

1. تستخدم في تنظيم محتوياتها الفهرس الآلي على نظام ORACLE  الذي تم انجازه بالتعاون مع مركز الحاسوب في الجامعة.
2. خدمة الأقراص المدمجة CD/ ROM . حيث تقتنى المكتبة مجموعة من قواعد البيانات المخزنة الكترونياً لإثراء وأغناء المكتبة بالمعلومات الحديثة كقاعدة بيانات عدالة لطلبة كلية الحقوق وموسوعة التشريعات الأردنية بالإضافة إلى أمهات الكتب في التاريخ الأدب والشريعة.
3. خدمة الخط المباشر ON – LINE وهي تخدم الطلبة والدراسين والباحثين للبحث في مراكز المعلومات العالمية عبر الإنترنت، مثل Dialog , OCLC , ACM , IEEE . Ingenta.
4.  خدمة المكتبة البريطانية ON – Line حيث يتم طلب الوثائق المطلوبة من خلال البريد الإلكتروني .

• قسم الخدمة المرجعية

تقدم الخدمة المرجعية للمستفيدين من قبل مرشدين في قسم الخدمة المكتبية و تشمل كيفية استخدام فهارس المكتبة في مجال البحث عن مصادر المعلومات و تحديد مواقعها و اماكنها في المكتبة سواء اكانت مطبوعة او الكترونية . ويضم قسم المراجع العديد من اجهزة الحاسوب و الطرفيات التي توفر المجال لاستخدام فهرس المكتبة الآلي.

• قسم الاعارة

نظام الاعارة في مكتبة جامعة الزرقاء الاهلية نظام آلي ( محوسب ) يتيح للمرتادين امكانية الاستفادة من الاوعية العلمية.

• قسم الدوريات و التكشيف

و يقوم هذا القسم بالاشتراك بالدوريات العربية و الاجنبية و متابعة و صولها و تسديد الاشتراكات المترتبة على المكتبة. ويقوم بفهرسة و تصنيف و تنظيم هذه الدوريات لسهولة الوصول اليها و استرجاع البيانات المتعلقة بها . و كذلك تكشيف بعض الدوريات و فق واصفات.

• قسم الاهداء  و التبادل

ويقوم بالاتصال بالجامعات و المؤسسات العلمية لعقد اتفاقيات الاهداء و التبادل مع تلك المؤسسات.